Če želite vgraditi toplotno črpalko voda-voda, priporočamo, da se obrnete na izkušenega strokovnega izvajalca, saj je pred vgradnjo toplotne črpalke potrebno narediti ustrezno projektno dokumentacijo in pridobiti dovoljenje za vrtanje. Pretehtati je potrebno prednosti in tveganja, ob zavedanju da je uporaba podtalnice odprt sistem, kjer vodo črpamo na površje in jo nato vračamo nazaj v podzemlje. Če želimo dolgotrajno in mirno uporabo sistema voda-voda, je osnovni pogoj čista podtalna voda – ta naj bi bila ustrezne kakovosti z nizko vsebnostjo kovin in organskih snovi, brez primesi gline in drugih sedimentov. Črpanje vode iz velike globine pomeni dodaten strošek energije, saj lahko vodnjaška črpalka predstavlja znaten delež letne porabe elektrike za ogrevanje, posebej v primeru energijsko varčnih, manjših hiš.